Pro Junior System ma promować i wspierać kluby w szkoleniu zawodników. Punkty przyznawane są za liczby minut wychowanków i młodzieżowców. Minuty mnożone są przez odpowiedni przelicznik. Drużyna która na koniec sezonu znajdzie się na pierwszym miejscu otrzyma 1,4 mln złotych; druga 1 mln złotych ; trzecia 600 tyś. złotych.
| 1. | Lech Poznań | 8328 |
| 2. | Śląsk Wrocław | 4998 |
| 3. | Zagłębie Lubin | 2519 |
| 4. | Pogoń Szczecin | 1543 |
| 5. | Wisła Kraków | 1504 |
| 6. | Lechia Gdańsk | 1403 |
| 7. | Cracovia Kraków | 1034 |
| 8. | Jagiellonia Białystok | 877 |
| 9. | Bruk-Bet Nieciecza | 855 |
| 10. | Piast Gliwice | 0 |
| 11. | Górnik Łęczna | 0 |
| 12. | Korona Kielce | 0 |
| 13. | Legia Warszawa | 0 |
| 14. | Arka Gdynia | 0 |
| 15. | Ruch Chorzów | 0 |
| 16. | Wisła Płock | 0 |